15 січня 1950 р. Святійшим Патріархом Московським і всієї Русі Алексієм був рукопокладений в сан ієродиякона, а 18 червня 1951 р. (удень Св. Тройці), – у сан ієромонаха.
1952 р. закінчив Московську духовну академію з ученим ступенем кандидата богослов'я і був призначений викладачем Священного Писання Нового Завіту в Московську духовну семінарію.
Одночасно виконував обов'язки благочинного Тройце-Сергієвої Лаври. З 1953 р. – викладач у Московській духовній академії. У 1953-54 навчальному році Вчена Рада Московської духовної академії присвоїла ієромонаху Філарету звання доцента. Того ж, 1953 р. був призначений на посаду старшого помічника інспектора Московської духовної академії і семінарії.
1956 р. призначений інспектором Саратовської духовної семінарії із возведенням у сан ігумена.
1957 р. переведений на посаду інспектора Київської духовної семінарії, а 12 липня 1958 р. возведений у сан архімандрита і призначений ректором Київської духовної семінарії.
1960 р. архімандрита Філарета призначено керуючим справами Українського Екзархату і настоятелем Свято-Володимирського кафедрального собору в м. Києві, а з червня 1961 по січень 1962 р. він був настоятелем подвір'я Російської Православної Церкви при Олександрійському Патріархаті у місті Олександрії (ОАР).
12 січня 1962 р. ухваленням Святішого Патріарха Алексія і Священного Синоду архімандрит Філарет був обраний єпископом Лузьким, вікарієм Ленінградської єпархії, з дорученням керувати Ризькою єпархією. 4 лютого 1962 р. відбулася його хіротонія на єпископа в м. Ленінграді, в якій взяли участь митрополит Пимен (Ізвєков), архієпископ Никодим (Ротов), архієпископ Кипріан (Зернов), єпископ Мисаїл (Воскресенський), єпископ Михаїл (Чуб), єпископ Никодим (Русняк) та інші архієреї.
13 червня по жовтень 1962 року виконував обов'язки Екзарха Середньої Європи. Після утворення єпархії Російської Православної Церкви на території Австрії у жовтні 1962 р. призначений єпископом Віденським і Австрійським. 12 грудня 1964 р. призначений єпископом Дмитровським, вікарієм Московської єпархії, ректором Московської духовної академії і семінарії. 14 травня 1966 р. возведений у сан архієпископа і призначений Екзархом України, архієпископом Київським і Галицьким, постійним членом Священного Синоду.
25 лютого 1968 р. Святійшим Патріархом Алексієм возведений у сан митрополита. У 1971 р. Святійшим Патріархом Пименом удостоєний права носіння двох панагій.
У 70-80-ті роки митрополит Філарет вів активну церковну громадську діяльність. Він керував та брав участь в роботі багатьох вітчизняних та міжнародних конференцій, комісій зокрема, у роботі II (1963 р.), ПІ (1968 р.), IV (1971 р.) та V (1978 р.) Всехристиянських Мирних Конгресів у Празі. У 1977 році став одним з віце-президентів Християнського Мирного Конгресу.
1970 р. очолював делегацію Російської Православної Церкви на Всесвітній релігійній конференції «Релігія за мир» (м. Кіото, Японія).
1974 р. брав участь у II Всесвітній Конференції «Релігія за мир» в м. Лувені (Бельгія). На III Асамблеї у Принстоні (СІМ) обраний віце-президентом Всесвітньої Конференції «Релігія та мир». 1982 р. очолював делегацію Російської Православної Церкви на Всесвітній Конференції «Релігійні діячі за спасіння священного дару життя від ядерної катастрофи».
1965 р. був на Гельсінському Всесвітньому Конгресі на захист миру. 1967 р. на Берлінському конгресі, а у 1973 р. брав участь у роботі Московського Конгресу миролюбних сил. Брав участь у Міжнародній конференції за європейську безпеку в м. Відні (Австрія).
У червні 1983 р. був на Празькій Всесвітній Асамблеї «За мир і життя, проти ядерної загрози». Брав участь у роботі Конференції недержавних організацій за роззброєння (Женева, 1978 р.).
1982 р. у складі делегації ХМК брав участь у II Спеціальній Сесії Генеральної Асамблеї ООН із роззброєння.
1966 р. обраний заступником голови товариства дружби «СРСР — Греція». Брав участь у роботі рад спілок радянських товариств дружби та культурних зв'язків із зарубіжними країнами, правління товариства «Україна», Українського Комітету захисту миру і комісії сприяння Радянському фонду миру.
1970 року Радою Академії обраний почесним членом Московської духовної академії, 1973 р. — почесним членом Ленінградської духовної академії.
14 жовтня 1979 р. Будапештська реформаторська духовна академія удостоїла митрополита Філарета ступеня почесного доктора богослов'я «Гонорис кауза», а 20 травня 1980 р. він одержав диплом доктора богослов'я «Гонорис кауза» Пряшівського богословського факультету.
У виданнях Московського Патріархату "Журналі Московської Патріархії" та "Православному віснику" у різний час друкувались його богословські статті, доповіді, послання, проповіді. До них належать: "Праці святих Кирила і Мефодія на території Російської держави в російській історичній літературі" (ЖМП, 1967 р., № 3, стор.55-58); "Виступ за доповіддю на Помісному Соборі Російської Православної Церкви 1971 р.". (Помісний Собор Російської Православної Церкви. Документи і матеріали 1972 р., Москва, стор.170-176); "Кафолічність Вселенської і Помісної Церкви” (ЖМП 1980 р., № 10, стор.41-46); "Про п'ятий Всехристиянський Мирний Конгрес" (ЖМП, 1979 р., № 2, стор.43-49); "Різдво Христове. Православне тлумачення Євангелія від Матфея і Євангелія від Луки" (Православний вісник, 1974 р., № 1, стор.21-30); "Хрещення Господнє. Православне тлумачення Євангелія від Мф.3,1-17; Мф.1,2-11; Лк.3,1-22) Православний вісник, 1974 № 2, стор.22-29); Благовіщення Пресвятої Богородиці. Євангеліє від Лк.1,26-38" (Православний вісник, 1974 р., № 3, стор.23-26); "Православне тлумачення Євангельських розповідей про Воскресення Христове" (Православний вісник, 1979 р. № 4, стор.21-27; № 5, стор.16-21; №6, стор.18-23): "Православний погляд на таємне і чудесне в релігії" (Православний вісник, 1975 р., № 2, стор.18-21); "Помісна Церква і Вселенська Церква" (ЖМП, 1981 р. № 4, стор.60-67); "Доповідь на святкуванні 35-річчя Львівського Церковного собору 1946 року" (ЖМП. 1981 року, № 10, стор.6-13); "Доповідь на відкритті засідання Комітету продовження роботи ХМК в Єйзенасі 14 жовтня 1980 року" (ЖМП, 1981 р., № 1, стор.38-41; № 2 стор.46-50); "Про духовний образ Ісуса Христа за Євангелієм” (ЖМП, 1981 р., № 5, стор.55-60); "Про рішення Другої Передсоборної Всеправославної наради" (ЖМП, 1983 р., № 8, стор.53-55: № 9, 46-49; № 10, стор.44-47; № 11, стор.43-46).
Митрополит Філарет брав участь в конференції ЮНЕСКО, присвяченій святкуванню 1000-ліття Хрещення Русі. Всю роботу по підготовці та проведенню святкування 1000-ліття Хрещення Русі вів митрополит Філарет.
Після смерті Патріарха Пимена 3 травня 1990 р. Священний Синод Російської Православної Церкви таємним голосуванням обрали митрополита Філарета Місцеблюстителем на Московський Патріарший Престол. Був головою Помісного Собору РПЦ 7, 8 червня 1990 р.
Єпископат Української Православної Церкви, за ініціативою митрополита Філарета, прийняв звернення до Патріарха Московського і всієї Русі Алексія II і архієреїв Російської Православної Церкви про надання Українській Православній Церкві самостійності і незалежності в управлінні. 25-27 жовтня 1990 р. Архієрейський Собор РПЦ надав УПЦ самостійність і незалежність в управлінні, а митрополит Філарет, одноголосно обраний українським єпископатом Предстоятелем Української Православної Церкви з титулом Митрополит Київський і усієї України. 26 жовтня 1990 р. у Софійському соборі після Божественної літургії Патріарх Алексій II оголосив рішення Архієрейського Собору РПЦ і вручив митрополиту Філарету Патріаршу Грамоту на право бути Предстоятелем Української Православної Церкви.
Після прийняття Верховною Радою України 24 серпня 1991 р. рішення про проголошення України незалежною державою, за ініціативою митрополита Філарета 1-3 листопада 1991 р. відбувся Всеукраїнський Помісний Собор УПЦ, який одноголосно прийняв рішення про повну канонічну незалежність, тобто автокефалію Української Православної Церкви. Собор звернувся до Патріарха Алексія II і єпископату Російської Православної Церкви з цим рішенням, але Архієрейський Собор РПЦ 1, 2 квітня 1992 р. відмовив надати Українській Православній Церкві автокефалію.
Патріарх Алексій II вирішив неканонічним засобом усунути митрополита Філарета з поста Предстоятеля Української Православної Церкви і поставити на його місце свого ставленика – митрополита Володимира (Сабодана). 26 червня 1992 р., з порушенням канонів, Статуту УПЦ і постанов Архієрейського Собору РПЦ про самостійність і незалежність в управлінні УПЦ, за вказівкою Патріарха Алексія II в Харкові був скликаний «собор», який незаконно обрав ще одного митрополита Київського. Ним став митрополит Володимир (Сабодан), який був перед обранням Керуючим справами Московської Патріархії РПЦ.
11 червня 1992 р. Архієрейський Собор РПЦ вирішив таким чином покарати митрополита Філарета за намір відокремитися від Російської Православної Церкви для утворення Помісної Української Православної Церкви, але митрополит Філарет не визнав за собою вини і не підкорився рішенню Собору, вважаючи його неканонічним і незаконним.
25 червня 1992 р. відбувся Всеукраїнський Помісний Собор, на якому проголошено об'єднання частини Української Православної Церкви і Української Автокефальної Православної Церкви в єдину Українську Православну Церкву Київського Патріархату. Собор визнав незаконним рішення Архієрейського Собору РПЦ і обрав Патріархом Київським і всієї Руси-України митрополита Мстислава (Скрипника). Митрополита Філарета було обрано Заступником Патріарха Київського і всієї Руси-України.
Митрополит Філарет попри всі нападки та інтриги продовжує боротися за створення в Україні Помісної Православної Церкви Київського Патріархату.
У жовтні 1995 року на Всеукраїнському Помісному Соборі митрополит Філарет був обраний Патріархом Київським і всієї Руси-України. Він плідно працює над розбудовою Помісної Православної Церкви в Україні, робить чимало і для об'єднання православних віруючих України в лоні Української Православної Церкви Київського Патріархату.
Освячений Архиєрейський собор Української Православної Церкви Київського Патрiархату 12 грудня 1996 року під головуванням Святійшого патріарха Філарета пiсля старанного дослiдження життя i святительського служiння Київського Митрополита Петра Могили канонiзував i приєднав до лику святих великого Київського Митрополита. У засіданні сесії ЮНЕСКО у Парижі, присвяченому ювілею 400-ліття митрополита Петра Могили, брав участь і Святійший Патріарх Філарет, виступивши з промовою про святительський шлях славетного митрополита та його внесок у розбудову українського православ'я.
3 липня 1996 року у Софії (Болгарія) Патріарх Філарет взяв участь у роботі Церковно-народного собору Болгарської Православної Церкви, на якому були присутні 95 делегатів, з яких 90 проголосували за вибрання найстаршого за поставленням єпископа, митрополита Неврокопського Пимена, Патріархом; а 4 липня того ж року у храмі св. Параскеви в Софії – в інтронізації Святійшого Патріарха Пимена.
На запрошення Його Святості Україну неодноразово відвідував Предстоятель Чорногорської Православної Церкви – архиєпископ Цетінський, митрополит Чорногорський Михаїл.
До 2000-лiття Рiздва Христового з iнiцiативи Святiйшого Патрiарха Філарета було створено церковно-громадський комітет для проведення заходів, присвячених знаменному ювілею в iсторiї християнства. Першим таким заходом на шляху до ювілею стала Всеукраїнська Міжнародна Християнська Асамблея, проведена за участю Київського Патріархату в лютому 1998 року. В роботі Асамблеї, її круглих столів взяла участь велика кiлькiсть науковців, церковних та громадських дiячiв. Київський Патріархат налагодив постійний діалог з iнтелiгенцiєю i знаходить в ній широку підтримку у своїй дiяльностi в духовній сфері.
За роки патріаршества вiн об'їхав з архипастирськими візитами майже всю Україну, зустрічався з єпископатом, духовенством, віруючими усіх єпархій в Україні, а також за її межами. За дієвої участі Святiйшого Патрiарха Фiларета постали з руїн Михайлівський Золотоверхий монастир, храми Успiння Пресвятої Богородиці (Пирогоща), Різдва Христового та багато інших храмів у Києві й по всій Україні.
З 2000 р. вийшло 7 томів повного зібрання послань, проповідей, виступів, звернень і доповідей Святійшого Владики.
У своєму виступі на Помісному Соборі у січні 2001 р. виклав основи соціальної доктрини УПЦ Київського Патріархату.
Патріарх Філарет підтримав візит Папи Римського Івана Павла ІІ в Україну, взяв участь у зустрічі Святішого Отця з членами Всеукраїнської Ради Церков та релігійних організацій.
Наприкінці 2003 р. був членом-засновником Наради представників християнських Церков України.
15 липня 2004 року у стінах Михайлівського Золотоверхого монастиря відбувся Помісний Собор, на якому Святійший Патріарх стисло підсумував здобутки УПЦ Київського Патріархату за дев'ятирічний період, показавши динаміку її зростання, накреслив перспективи на майбутнє. Собор канонізував преподобних Іова (1550 - 1621) і Феодосія (друга пол. ХVI ст. - 1629) Манявських та святителя Арсенія Мацієвича (1697 - 1772), митрополита Ростовського.
З 24 по 26 липня 2005 р. Патріарх Філарет перебував з візитом в м. Тріполі (Лівія), де в рамках конференції Асоціації Всесвітнього Ісламського Заклику мав зустрічі з ісламськими діячами, а також з представниками римо-католицької і коптської громад.
13 грудня 2005 р. у Державному оперному театрі України відбувся I Всеукраїнський церковно-громадський форум «За Українську Помісну Православну Церкву». Головною подією Форуму став виступ Патріарха Київського і всієї Русi-України Філарета. Аналітична й одночасно загальнодоступна доповідь Патріарха висвітлила генезис драматичного поділу православ'я в Україні та його небезпечний вплив на сучасну історію.
13 травня 2006 року рішенням Священного Синоду під головуванням Святішого Патріарха і всієї Руси-України Філарета взято курс на реформу освіти в духовних навчальних закладах Української Православної Церкви Київського Патріархату. Плідно функціонують Київська і Львівська Православні Богословські Академії, семінарії у Луцьку та Рівному, Богословський інститут в Івано-Франківську, Теологічне відділення Філософсько-Теологічного факультету Чернівецького Національного Університету.
15 квітня 2007 року під головуванням Святійшого Патріарха Філарета відбувся Архиєрейський Собор Української Православної Церкви Київського Патріархату, одним з основних рішень якого було прийняття Історико-канонічної Декларації «Київський Патріархат – Помісна Українська Православна Церква».
12 червня 2007 року в «Українському домі» відбувся ІІ Всеукраїнський церковно-громадський форум «За Українську Помісну Православну Церкву», який повною мірою підтримав і схвалив Історико-канонічну декларацію. Його Святість у своїй доповіді зазначив, що Єдина Помісна Церква – це завдання як Церкви, так і держави, а тому високо оцінив діяльність чинного Президента України Віктора Ющенка у ініціативах з приводу об'єднання розділеного Православ'я в Україні.
З нагоди ювілею 900-ліття Михайлівського Золотоверхого монастиря та відзначення 1020-ліття Хрещення Київської Руси-України Святійший Патріарх Філарет 11 липня 2008 року очолив Помісний Собор Церкви, а 19 липня 2008 р. на Михайлівській площі у Києві – урочисту Божественну літургію. У спільній святковій службі взяли участь близько тисячі священиків та понад 15 тисяч вірних.
Завдяки наполегливій праці Патріарха було перекладено усі богослужбові книги, які потрібні для відправи богослужінь; він увійде в історію як четвертий перекладач Біблії українською мовою. З благословення Патріарха Філарета було безкоштовно видрукувано і розповсюджено близько мільйону примірників Закону Божого. Метою акції є те, щоб ця книга з основ божественного вчення потрапила до кожної оселі, завітала в кожну сім'ю.
За роки предстоятельства Святійшого Патріарха Філарета Українська Православна Церква Київського Патрiархату значно виросла. Якщо в 1995 році Патріархат мав 1200 парафій, то сьогодні — понад 4 тисячі; тоді у складі Церкви було 15 архієреїв, зараз — 38, що відповідає чисельності єпархій: у 1995 році їх було 12, тепер — 33. За соціологічними опитуваннями Київський Патріархат користується підтримкою понад 30% чоловік дорослого населення України (для порівняння – Московський Патріархат в Україні підтримують близько 20%, тобто 6,5 мільйонів чоловік). У грудні 2006 р. в столиці України Києві 52% опитаних віднесли себе до Київського Патріархату і тільки 8% – до Московського Патріархату.
Церковні нагороди:
За церковні заслуги нагороджений орденами Російської Православної Церкви, Александрійського, Антіохійського, Ієрусалимського, Болгарського та Грузинського, Польського, Чехословацького Патріархатів та Церков.
В 1999 році згідно рішення Священного Синоду Української Православної Церкви Київського Патріархату Святійшого Патріарха Філарета нагороджено Орденом Святого рівноапостольного князя Володимира Великого І ступеня.
В 2004 році згідно рішення Священного Синоду Української Православної Церкви Київського Патріархату Святійшого Патріарха Філарета нагороджено Орденом святого апостола Андрія Первозваного.
Державні нагороди:
22 січня 1979 року Указом Президії Верховної Ради СРСР за патріотичну діяльність на захист миру нагороджений орденом "Дружби народів".
Нагороджений орденом Трудового Червоного Прапора.
Святійший Патріарх Філарет – повний кавалер ордена Ярослава Мудрого (1999 р. – V ст., 2001 р. – ІV ст., 2004 р. – ІІІ ст., 2006 р. – ІІ ст., 2008 р. – І ст.).
У 2009 році Президент України Віктор Ющенко нагородив Святійшого Патріарха Філарета Орденом Свободи.
В 2010 році Президент України Віктор Ющенко нагородив Святійшого Патріарха Філарета відзнакою Президента України – Хрестом Івана Мазепи.
У 2010 році Прем’єр-міністр України Юлія Тимошенко вручила Святішому Владиці найвищу урядову нагороду – Почесну грамоту Кабінету міністрів України.
